由于臭氧对细菌、微生物强烈的杀灭作用，臭氧发生器用臭氧水处理肉类及其它食品可以达到防腐、消除异味、保鲜的功效。在臭氧产生的同时还可以产生大量负离子，在空气中有些负离子可有效抑制果蔬的呼吸作用，延缓其代谢过程。同时，臭氧可以杀灭引起果蔬腐烂的病原菌，分解果蔬贮藏过程中产生的具有催熟作用的代谢废物如乙烯、醇类、醛类、芳香类等物质。这样，在臭氧和负离子的作用下抑制了果蔬的新陈代谢及微生物病原菌的滋生蔓延，从而延缓其后熟衰老、防止其腐烂变质，达到保鲜的效果。有研究表明，臭氧可使食品、饮料和果蔬的贮藏期延长3-10倍。

臭氧应用于保鲜是很多食品药品行业经常用到的，同时臭氧还具有一定的解毒作用；臭氧能通过氧化反应有效去除有毒气体，臭氧发生器如C0、S02、芥子气等。溶于水中的臭氧可氧化、分解从而有效去除水中的有毒物质如重金属离子、有机毒物、氰化物、硫化物以及敌敌畏、氧化乐果、马拉硫酸等农药。